Son sustancias biológicas que contienen microorganismos, y compuestos orgánicos como nutrientes, fitohormonas, enzimas, y otras moléculas, que pueden tener funciones bioestimulantes, promotoras del crecimiento vegetal o que afectan a patógenos e insectos no deseados. El reciclaje de la materia orgánica, es una manera efectiva de tratar de forma ecológica desechos que de otro modo contaminarían suelos y cursos de agua. De esta manera se los transforma en bioinsumos para la agricultura.
Biofertilizantes: son sustancias que además de nutrientes, permiten el ingreso de materia orgánica y microorganismos benéficos al sistema, lo cual es necesario para el desarrollo de plantas saludables y la conservación del suelo.
Biopesticidas: son sustancias bactericidas, fungicidas e insecticidas que son elaborados a base de compuestos que no dañan la ecología del agroecosistema ni afectan a la salud de productores y consumidores.
Inoculantes microbianos: son microorganismos con funciones beneficiosas de nuestro interés, como incrementar la disponibilidad de los nutrientes del suelo mientras se aumenta la biodiversidad del ecosistema.
Controladores biológicos: son microorganismos que naturalmente depredan, parasitan o compiten con patógenos y plagas sin afectar a otros organismos beneficos, sustituyendo así la aplicación de sustancias tóxicas.